El salario vacacional se calcula a partir de la remuneración líquida del trabajador, como un porcentaje de su remuneración nominal o más concretamente del haber nominal por licencia gozada. Recientemente hubo modificaciones en el porcentaje líquido así definido.

En el caso general de las empresas comprendidas en el Sector Industria y Comercio del BPS, hasta el 30 de junio de 2007 la remuneración líquida se calculaba restando a la nominal los descuentos por montepío jubilatorio (15%), por seguro de salud (3%), por IRP (entre 0% y 6%) y por FRL (0,125%). En resumen, el porcentaje líquido oscilaba entre 75,875% y 81,875%.
A partir del 1º de julio de 2007, como el Nuevo Sistema Tributario derogó el IRP y el IRPF no lo sustituye a estos efectos, tal porcentaje líquido pasó a ser 81,875% en todos los casos del párrafo anterior. Cabe precisar que el FRL, originalmente un adicional al IRP, no fue derogado y sigue computándose.
El porcentaje líquido vuelve a cambiar a partir de 1º de enero de 2008 con la entrada en vigencia del Sistema Nacional Integrado de Salud, el cual establece descuentos personales variables según el caso (0%, 3%, 4,5% ó 6%). Por ende, el porcentaje referido puede ser 84,875% u 81,875% u 80,375% ó 78,875%.
En la práctica, de acuerdo a la normativa propia del salario vacacional, debe aplicarse el porcentaje líquido correspondiente al momento del goce de la licencia y no el vigente durante el período que generó el derecho a su goce.

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